رسانه های ایرلندی گزارش دادند که او در ۱۱ فوریه بر اثر یک بیماری نامعلوم درگذشت.
فلین در اوایل کارش به عنوان رئیس توسعه در فیلم بین‌المللی مرلین جان بورمن منصوب شده بود.
او در سال ۱۹۹۷ با همسرش خوانیتا ویلسون، شرکت فیلم متروپولیتن را تأسیس کرد، قبل از تأسیس، فیلم Octagon در سال ۲۰۰۲ تولید و فیلم برای بازار بین المللی عرضه کرده بود.
بین سال های ۱۹۹۳ و ۱۹۹۷، او به عنوان مدیر بازرگانی و سپس معاون مدیر عامل هیئت فیلم ایرلند (اکنون ایرلند اکران) خدمت کرد.
کارهای مختلف فلین عبارتند از: «خاکستر آنجلا» ساخته آلن پارکر، «ورونیکا گورین»، «در» و انیمیشن پیشگامانه «راز کلز»، «آخرین دوئل» ریدلی اسکات و «گرتا» با بازی ایزابل هوپر.
او نامزدی اسکار را برای فیلم کوتاهش «در» در سال ۲۰۰۸ و انیمیشن «راز کلز» در سال ۲۰۰۹ تجربه کرده بود.
او تهیه کننده اجرایی سریال موفق «وایکینگ‌ها» و اسپین آف آن «والهالا» بود. جیمز فلین مشهور بود که با ستارگان ایرلندی و رفقایش کالین فارل و برندن گلیسون همکاری می‌کند.
فیلم متروپولیتن با انتشار بیانیه‌ای گفت: «همه ما در فیلم متروپولیتن از درگذشت بنیانگذار، همکار و دوست بزرگمان، جیمز فلین، که با صبح شنبه در آرامش در کنار همسرش خوانیتا ویلسون و فرزندانش الکس و آنا از دنیا رفت، به شدت متأسفیم.»
انجمن کارگردانان ایرلند نیز در توییتر خود نوشت: «انجمن کارگردانان از درگذشت جیمز فلین، تهیه‌کننده متاسف است، درگذشت وی ضایعه بزرگی برای صنعت ما است.
