داستان از همین جا آغاز شده و به این ترتیب مخاطب وارد زندگی این خانواده و اهالی این مجتمع می‌شود.

مسئله‌ی کودک آزاری و تجاوز از جمله معضلات اجتماعی بود که تا یک دهه پیش، حتی صفحه‌ی حوادث روزنامه‌ها نیز با احتیاط به آن می‌پرداختند اما اتفاق‌های هولناک دهه اخیر موجب شده که لاجرم تصمیم گیرندگان مملکتی هم باور کنند که در جامعه، نیاز به آگاهی بیشتری در این زمینه وجود دارد که نه تنها شامل خانواده‌ها و والدین بلکه نیاز ضروری به آگاهی‌های روانشناسانه و دقیق در اندازه‌ی ظرفیت سنی کودکان به آنهاست حتی در مدارس.
و در این میان سینما می‌تواند یک مدیوم موثر برای این معضل غیر قابل انکار باشد که در فیلم" هیس! دخترها فریاد نمی زتند" ساخته ی پوران درخشنده شاهد آن بودیم و روح اله حجازی نیز سعی کرده در "اتاق تاریک" گریزی به آن داشته باشد.

امیر بعد از آن شب، دچار تغییرات رفتاری می‌شود، از خوابیدن و دستشویی رفتن می‌ترسد و در حالی که چندان به مادرش نزدیک نیست، به پدرش اعتماد می‌کند و می‌گوید: " یکی بدن من را دیده یا احیانا به من دست زده است".
از همینجا نگرانی برای فرهاد(ساعد سهیلی) و بیننده شروع می‌شود. اینکه آیا امیر مورد آزار جنسی قرار گرفته؟ و اینکه حالا فرهاد چه واکنشی نسبت به این موضوع خواهد داشت؟ او که معنی ترس در کودکی را می‌داند و به این واقف است که این نوع آسیب‌های روحی هرگز برطرف نمی شوند چرا که او هم بر سر یک حادثه در کودکی، همچنان دچار فوبیا نسبت به سگ است و از این حیوان وحشت دارد.

نکته‌ی مهم در مورد این خانواده، رابطه بین اعضای آن است. فرهاد یک جوان کم سن و سال شهرستانی که با هاله "ساره بیات" میانسال و متجدد ازدواج کرده و حالا هر کدام برای تربیت امیر عقاید متفاوتی دارند . مثل گذاشتن امیر در اتاق تاریک توسط مادر فرهیخته‌اش که نمی داند این تنبیه چه اثر مخربی در شخصیت کودک می‌تواند داشته باشد؛ تاثیری به مراتب بیشتر از یک تنبیه ساده‌ی بدنی.

بعد از اینکه بالاخره فرهاد تصمیم می‌گیرد تا این موضوع را با هاله در میان بگذارد، هاله می‌خواهد از طریق دیگری به حقیقت ماجرا پی ببرد و او به همه‌ی شخصیت‌های مجتمع مظنون است. شخصیت‌هایی که هر یک مثل خود او و فرهاد دچار مشکلات روانشناسی، تربیتی و خانوادگی هستند. پیگیری‌هایِ گاه افراطی و با شیوه‌‌های نادرستِ او، صدای فرهاد را در‌می‌آورد و سرانجام هم به نتیجه‌ای می‌رسد که هیچکس انظارش را نداشت.

فیلم اتاق تاریک سوژه خوب و قابل قبولی دارد که متاسفانه در راه قصه به بن بست می‌خورد و مسیر را اشتباه می‌رود تا جایی که در پایان، هیچکس را قانع نمی‌کند اما کسی هم از اینکه وقت گذاشته و فیلم را دیده پشیمان نخواهد شد، ضمن اینکه از نکات مثبت فیلم موسیقی کارن همایونفر است که به پیشبرد قصه کمک قابل توجهی کرده است.